In manchen Fällen ist nach erneuter Erfolgskontrolle ein chirurgischer Eingriff notwendig, um Zahnsteinreste und Bakterien in Wurzelgabelungen (Furkationen) zu entfernen. Bei größeren Knochenverlusten besteht die Möglichkeit, durch regenerative Verfahren den Knochendefekt (teilweise) zu regenerieren.